Die Gemeinde Meißenheim wird erstmals 1267 urkundlich erwähnt. Erste Siedlungsspuren gehen jedoch bis in die mittlere Bronzezeit zurück. So wurde um 1900 ein Bronzeschwert aus der Zeit von 1400 vor Christus gefunden.
Der Ortsname Meißenheim wird als „Heim des Remigius“ (Remigius, Bischof von Reims) gedeutet. Das Dorf wurde 1464 von der Adelsfamilie Wurmser aus Vendenheim (nahe Straßburg) käuflich erworben.
Erst 1805 wurde Meißenheim in Folge der napoleonischen Kriege in das badische Großherzogtum eingegliedert.
Die Einführung des Christentums geht auf das 7. Jahrhundert zurück, als in Schuttern das Benediktinerkloster gegründet wurde. Die Reformation wurde in Meißenheim vermutlich um das Jahr 1533 eingeführt. Bis in die Zeit nach dem zweiten Weltkrieg war das Dorf nahezu rein evangelisch.
Die jetzige Kirche ist sicherlich die dritte Kirche am selben Standort, vermutlich sogar die vierte. Die Vorgängerkirche wurde um 1580 erbaut und 1763 wegen Enge und Baufälligkeit abgebrochen. In dreijähriger Bauzeit entstand unser heutiges barockes Gotteshaus, das am 28. Oktober 1766 dem dreieinigen Gott geweiht wurde. Die Turminschrift „DEO TRIUNI 1766“ erinnert den Betrachter an dieses für Meißenheim großartige Ereignis.
Die damaligen Einwohner haben durch Fron- und Handlangerdienste sowie Geldzahlungen zum prächtigen Neubau beigetragen. Dieses Vorhaben war Aufgabe der ganzen Gemeinde und wurde unter dem Amtsschultheißen Christmann Fischer als Organisator vorangetrieben. Inwieweit die elsässischen Grundherren zur Finanzierung beigetragen haben ist nicht überliefert. Sie waren aber sicherlich bei der Auswahl der beauftragten Künstler maßgeblich beteiligt.
Baumeister war der aus Tirol stammende Michael Schnöller, ansässig in Drusenheim im Elsaß. Die Gemälde an den Emporebrüstungen sind vom Baden-Badener Künstler Sebastian Gretter gearbeitet worden. An der Turmempore ist die Geschichte der Kindheit Jesu und sein Anfangswirken dargestellt. Die Passionsgeschichte ist an der gegenüberliegenden Orgelempore malerisch dargestellt. Das künstlerisch wertvolle Deckengemälde stammt von dem Tiroler Maler Johann Pfunner und zeigt die Himmelfahrt Christi.
Kanzel und Altar stammen von dem schwäbischen Künstler Christian Eitel, der damals in Straßburg wohnte. Beide sind in reichverziertem Stuckmarmor gefertigt und teilweise vergoldet. Eitel hat auch die wandfüllenden Rokokokartuschen an den Längswänden geschaffen. Sie zeigen in den beiden Erinnerungsschildern zum einen die Namen der damaligen Pfarrer und des so genannten Gemeindegerichtes, die dritte Kartusche zeigt das Wappen des Adlesgeschlechts der Wurmser.
Der wertvollste Ausstattungsgegenstand der Meißenheimer Kirche ist jedoch zweifellos unsere weitbekannte Orgel. Sie steht, wie das ganze Kirchengebäude unter Denkmalschutz.
Zehn Jahre nach der Einweihung der Kirche, also im Jahr 1776, konnte die von Johann Andreas Silbermann geschaffene Orgel mit damals 13 Registern auf der – eigens dafür geschaffenen – Orgelempore aufgebaut werden. Erst dadurch hat der Kirchenraum mit der reichen barocken Ausstattung seine Ausgeglichenheit und seine gelungene architektonische Vollendung erhalten.
Im Bewußtsein der wertvollen Substanz wurden alle vergangenen Renovierungen so behutsam ausgeführt, dass der ursprüngliche Charakter der Kirche bewahrt wurde. Die letzte Renovierung wurde notwendig, nachdem der Orkan „Lothar“ am 26. Dez. 1999 erhebliche Schäden angerichtet hatte. Viele Geldspenden und die Anteilnahme des ganzen Dorfes an der 2003 beendeten kostspieligen Renovierung zeugen von der großen Verbundenheit der Bevölkerung mit der Kirche. Meißenheims Einwohner, damals wie heute, sind stolz auf ihre Kirche, die man mit Recht als barockes Kleinod in der oberrheinischen Region bezeichnen kann.
Evangelische Pfarrer gibt es in Meißenheim seit Einführung der Reformation 1533. Der erste Pfarrer war Johann Stork.
Ab 1900 waren als Pfarrer in Meißenheim tätig:
1891 Adolf Hafenreffer
1908 Oskar Stephan (Pfarrverwalter)
1908 Adolf Bernert (Pfarrverwalter)
1909 Ed. Nickles
1918 Missionar Fies (Pfarrverwalter)
1919 Walter Krapf
1927 Alb. Kramer
1935 Georg Dörsam
1939 Chr. Kraft
1944 G. Köhler
1952 Traugott Jäger
1962 Gerhard Hof
1978 Dr. Martin Schneider
1987 Hans Rudolf Pfisterer
1999 Georg Bauer
seit 2008 Heinz Adler